Papież został bowiem chwilowo zmuszony do opuszczenia Rzymu, na skutek podobnych zamieszek, jakie wcześniej dotknęły Królestwo Obojga Sycylii, wywołanych w Rzymie przez Giuseppe Mazziniego.
W tym samym czasie Sycylia ogłosiła swoją niepodległość. Na jej czele stanął Ruggeru Sèttimu, który 13 kwietnia 1848 ogłosił detronizację Ferdynanda. W odpowiedzi król zebrał armię liczącą 20 000 ludzi pod dowództwem generała Carlo Filangieriego i wysłał na Sycylię, aby obaliła liberałów i przywróciła jego rządy. Flota królewska przypłynęła do Mesyny i kiedy już Mesyńczycy się poddali, przez osiem godzin z okrutnym barbarzyństwem dziesiątkowała mieszkańców. Po tym wydarzeniu Ferdynand zyskał przydomek Re' Bomba, czyli Król Bomba. Po zakończeniu kampanii, która potrwała prawie dziewięć miesięcy, sycylijscy liberałowie zostali ostatecznie wybici 15 maja 1849.
Małżeństwa i potomstwo 21 listopada 1832 Ferdynand II ożenił się z Marią Krystyną Sabaudzką, córką króla Wiktora Emanuela I. Maria Krystyna zmarła 21 stycznia 1836.