Po klęsce maciejowickiej przedostał się do Drezna unikając tym samym represji pruskich. W 1806 roku po klęsce Prus i zajęciu przez wojska francuskie Wielkopolski, Paweł Skórzewski wraz z Michałem Lipskim stanął na czele kilkuset ochotników, z którymi 7 listopada 1806 roku zajął Kalisz i wziął do niewoli pruską załogę. Wkrótce – w listopadzie 1807 roku – Skórzewski rozpoczął w Kaliszu tworzenie regularnych oddziałów wojskowych. W 1812 został obwołany marszałkiem pospolitego ruszenia w departamencie kaliskim, a po Kongresie Wiedeńskim car Aleksander I mianował go senatorem – wojewodą kaliskim. Niestety, nie cieszył się długo tą funkcją, gdyż zmarł w 1819. Uroczystości pogrzebowe odbyły się w kościele bernardynów w Kaliszu.
Według Gazety Wielkiego Księstwa Poznańskiego, która opisywała pogrzeb, wspaniały katafalk wzniesiony był na „8 łokci długi, 6 łokci szeroki, 11 łokci wysoki miał być nad cokołem piękny piedestał ozdobiony chorągwiami i różnymi trofeami wojskowymi ubrany, na którym stała piramida wznosząca trumnę czterema lwami podpartą, w około której cztery kolumny z broni i bagnetów związane przy rzęsistym świetle i całego kościoła zaćmieniu okazały czyniły widok.