Gilles Marguet (ur. 3 grudnia 1967 w Pontarlier) – francuski biathlonista, brązowy medalista olimpijski i dwukrotny medalista mistrzostw świata.
Kariera W Pucharze Świata zadebiutował 19 stycznia 1990 roku w Anterselvie, zajmując 15. miejsce w sprincie. Tym samym już w swoim debiucie zdobył pierwsze punkty. Na podium zawodów tego cyklu jedyny raz stanął 16 stycznia 1993 roku w Val Ridanna, kończąc rywalizację w sprincie na trzeciej pozycji. Wyprzedzili go tam jedynie Włoch Johann Passler oraz Ulf Johansson ze Szwecji. Najlepsze wyniki osiągnął w sezonie 1989/1990, kiedy zajął 21. miejsce w klasyfikacji generalnej.
Na mistrzostwach świata w Borowcu w 1993 roku wspólnie z Thierrym Dusserre’em, Xavierem Blondem i Lionelem Laurentem zdobył brązowy medal w biegu drużynowym. Podczas mistrzostw świata w Pokljuce w 2001 roku reprezentacja Francji w składzie: Gilles Marguet, Vincent Defrasne, Julien Robert i Raphaël Poirée zwyciężyła w sztafecie. Był to pierwszy w historii złoty medal dla Francji w tej konkurencji. Brał też udział w igrzyskach olimpijskich w Salt Lake City, gdzie razem z Defrasne’em, Robertem i Poirée zdobył brązowy medal w biegu sztafetowym. Wziął również udział w sprincie, kończąc rywalizację na 66. miejscu.