Wydawca Zastępca redaktora naczelnego „Zeszytów Literackich”, redaktor naczelny w wydawnictwie Próby. Ponadto na dorobek edytorski Marka Zagańczyka składają się m.in.: korespondencja Jarosława Iwaszkiewicza i Pawła Hertza ogłaszana na łamach „Zeszytów Literackich”; Portret młodego artysty. Listy Józefa Rajnfelda do Jarosława Iwaszkiewicza (Warszawa 1997 – wraz z Pawłem Hertzem); tom esejów Jana Kotta Nowy Jonasz i inne szkice (Wrocław 1994 – wstęp i opracowanie), wybór esejów Pawła Hertza Pamięć i ład (Warszawa 2018), a także współpraca edytorska nad tomami korespondencji Zbigniewa Herberta, Czesława Miłosza, Jerzego Stempowskiego. W redagowanej przez niego serii „Podróże” (Zeszyty Literackie) ukazały się książki Ewy Bieńkowskiej, Wojciecha Karpińskiego, Patricka Leigh Fermora, Claudio Magrisa, Sándora Máraiego, Pawła Muratowa, Jerzego Stempowskiego, Adama Szczucińskiego, Joanny Ugniewskiej, Tomasa Venclovy.
W wydawnictwie Próby redaktor pierwszego polskiego wydania Europy w zwierciadle Roberta Byrona (tłum. Dorota Kozińska, Warszawa 2020) i Paradiso Adama Szczucińskiego (Warszawa 2021), razem z Elżbietą Jogałłą redaktor pierwszego polskiego wydania Rady egipskiej Leonarda Sciascii (tłum.