W pożarze został zniszczony arsenał oraz 15 tysięcy sztuk broni, ale płomienie zostały ugaszone i wyposażenie do produkcji broni zostało wywiezione na południe. Gdy konfederaci opuścili miasto dwa miesiące później, spalili większość budynków fabryki oraz wysadzili most kolejowy.
We wrześniu 1862 roku o miasto miała miejsce jedna z największych bitew wojny secesyjnej, w której wzięło udział prawie 35 tysięcy żołnierzy. Bitwę wygrali konfederaci pod wodzą generała Thomasa "Stonewalla" Jacksona, biorąc do niewoli ponad 12 tysięcy żołnierzy armii Unii Stanów Zjednoczonych.
Po wojnie secesyjnej Harpers Ferry nie wróciło już nigdy do produkcji broni i utraciło wiele ze swojej świetności. Wkrótce po wojnie miasto, które do tej pory znajdowało się w stanie Wirginia zostało wraz z całym hrabstwem Jefferson włączone do stanu Wirginia Zachodnia.
Dwudziesty wiek W 1944 roku większość miasta stała się częścią Narodowego Parku Historycznego Harpers Ferry będącego pod zarządem National Park Service i odwiedzanego corocznie przez około pół miliona turystów.