Po 1990 r. Giennadij Ziuganow stanął na czele Komunistycznej Partii Federacji Rosyjskiej. W 1996 i 2000 startował bez powodzenia w wyborach prezydenckich. W 1996 uzyskał 24 211 686 głosów (32,0%) w I turze oraz 30 113 306 głosów (40,3%) w II turze. W 2000 zdobył 21 928 468 głosów, co stanowiło 29,21%, jednak i tym razem nie zdobył prezydentury. Także w parlamencie jego komunistyczna partia zaczęła tracić wpływy. W kolejnych wyborach prezydenckich w 2004 nie wystartował. W wyborach prezydenckich 2008 uzyskał drugi z kolei wynik – 17,72% (13 243 550 głosów). W wyborach prezydenckich 2012 uzyskał drugi z kolei wynik – 17,18% (12 318 353 głosów) mały|Giennadij Ziuganow odznaczony przez prezydenta Władimira Putina Orderem Aleksandra Newskiego, 2014
Decyzją z dnia 23 lutego 2022 r. Rada Unii Europejskiej nałożyła na Ziuganowa sankcje za wspieranie działań podważających integralność terytorialną, suwerenność i niezależność UkrainyRozporządzenie wykonawcze Rady (UE) 2022/260 z dnia 23 lutego 2022 r.