We wrześniu 1946 został mianowany zastępcą dowódcy ds. liniowych Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego (odpowiednik Wojsk Wewnętrznych NKWD). W 1947 brał udział w akcji „Wisła” jako zastępca dowódcy Grupy Operacyjnej gen. Stefana Mossora. 27 kwietnia 1949 mianowany dowódcą KBW – w stopniu generała. 29 kwietnia 1951 został dowódcą Wojsk Wewnętrznych (KBW i WOP). 23 sierpnia 1956 został podsekretarzem stanu w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych nadzorującym Wojska Wewnętrzne. Dowodzone przez Hibnera oddziały KBW są obciążone licznymi zbrodniami i represjami stosowanymi wobec działaczy opozycji i ludności cywilnej; szybki awans Hibnera w KBW i MBP świadczy o zaufaniu do jego umiejętności dowódczych żywionym przez kierownictwo PPR/PZPR i władze sowieckie.
Od 1959 w stanie spoczynku. W latach 1960–1969 zdobył stopień doktora nauk fizycznych i pracował w Instytucie Badań Jądrowych w Świerku. Autor traktatu filozoficznego O rozstrzygalności dwóch nierozstrzygalnych kontrowersji (Wydawnictwo Literackie, 1987).
Po przejściu na emeryturę mieszkał w Warszawie i Paryżu, gdzie prowadził wykłady z fizyki jądrowej w szkołach wyższych. W 1988 roku wystąpił z PZPR.
Pochowany został na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera A41-1-7).