Na czele administracji stał gauleiter Prus Wschodnich, Erich Koch. Jednocześnie był on komisarzem Rzeszy okupowanej Ukrainy i posłem w Reichstagu. Wobec sprawowania tak wielu urzędów, Koch nie mógł ciągle przebywać w Białymstoku, dlatego powołał na swego stałego zastępcę, szefa Niemieckiego Frontu Pracy w Królewcu, Waldemara Magunię. Szybko popadł on jednak w niełaskę i jego miejsce zajął landrat tylżycki, Friedrich Brix.
Okręg Białostocki i Prusy Wschodnie były w tej sytuacji połączone nie tylko poprzez osobę Kocha, ale także przez kadrę urzędniczą która wywodziła się z kadry wschodniopruskiej, aparat bezpieczeństwa, który otrzymywał rozkazy od swych przełożonych w Królewcu, pocztę i inne organy. Jednak Okręg Białostocki nie został bezpośrednio włączony do Prus Wschodnich, choć prawdopodobnie stać się tak miało w przyszłości. 16 lipca 1941 Hitler na tajnej konferencji z udziałem Göringa, Keitla, Lammersa i Rosenberga, zapowiedział włączenie Okręgu do RzeszyCz. Madajczyk, „Polityka III Rzeszy w okupowanej Polsce, t. 1., Warszawa 1970, s. 132, 138.. Jedynym wyznacznikiem odrębności była granica policyjna między nimi. Aby ją przekroczyć należało uzyskać stosowne zezwolenie. Natomiast granicę celną zniesiono w listopadzie 1941Tamże, s. 212..