W kolejnych spotkaniach, z Widzewem Łódź i Polonią Bytom, zdobywał po bramce. 15 maja 2011 roku w meczu derbowym z Cracovią zanotował asystę przy zwycięskim golu Maora Meliksona, zaś Wisła na trzy kolejki przed końcem sezonu zapewniła sobie tytuł Mistrza Polski. Podczas samego spotkania Małecki obraził pomocnika Cracovii, Saïdiego Ntibazonkizę, za co Wisła nałożyła na piłkarza kolejną karę finansową.
Pogoń Szczecin thumb|Patryk Małecki podczas treningu Pogoni Szczecin
3 stycznia 2014 roku Małecki został zawodnikiem Pogoni Szczecin, z którą związał się 2,5-letnim kontraktem. Już po transferze przyznał, że powodem jego odejścia był konflikt z trenerem Smudą. Już w pierwszym meczu w nowym klubie piłkarz wyszedł w wyjściowym składzie. Łącznie w sezonie 2013/2014 zaliczył 994 minuty, jednak ani razu nie trafił do bramki. Pierwszą asystę zaliczył w następnym sezonie w spotkaniu z Podbeskidziem Bielsko-Biała. We wrześniu 2014 roku, w meczu Pucharu Polski przeciw Dolcanowi Ząbki, Małecki wszedł na boisko na ostatnie 27 minut i strzelił dwie bramki dające Pogoni awans do następnej rundy. W następnym meczu Pucharu Polski, Małecki zerwał więzadła krzyżowe w kolanie. Była to jak do tej pory najpoważniejsza kontuzja w jego zawodowej karierze.