W styczniu 1904 roku Carlos Padrós zrezygnował ze stanowiska prezesa Madryckiej Federacji Klubów Futbolowych (Federación Madrileña de Clubes de Foot-Ball) i zajął miejsce brata, Juana, na stanowisku prezesa Madrid FC. Jeszcze w tym samym miesiącu Madrid dzięki fuzji z drużynami Moderno i Amicale zyskał do składu francuskich zawodników tego drugiego.
mały|Madrid FC między 1905 a 1906: Berraondo, Alcalde, Joaquín Yarza, Paragés, Prast, Alonso, Revuelto, Armando Giralt, Manolo Yarza, Normand i „Patache” Giralt Pierwszy Puchar Hiszpanii (będący wówczas także mistrzostwem Hiszpanii) Madrid zdobył 18 kwietnia 1905, pokonując w finale Atheltic 1:0 po golu Prasta. 23 października odbył się pierwszy mecz międzynarodowy Madridu – dla uczczenia wizyty Émile’a Loubeta w Hiszpanii Carlos Padrós zorganizował mecz z paryskim Galia Sport, który zakończył się remisem 1:1.
W latach 1906–1908 Madrid FC również triumfował w Pucharze Hiszpanii, co dało mu łącznie cztery zwycięstwa z rzędu, tracąc trofeum dopiero w 1909 roku na rzecz Club Ciclista San Sebastián.