Dopiero druga połowa XIX wieku przeprowadziła dokładną analizę rozwoju greckiej myśli, przedstawiając obszerny korpus argumentów przeciw wschodniemu pochodzeniu filozofii. Szczególne znaczenie mają tu analizy historyczne Eduarda Zellera w Die Philosophie der Griechen on ihrer geschichtlichen Entwicklung (1919) systematyzującej ogromny materiał źródłowy oraz książka Johna Burneta Early Greek Philosophy (1930).
Kluczowe znaczenie dla odrzucenia tezy o wschodnim pochodzeniu filozofii greckiej ma to, że pojawiła się ona w starożytności późno, była promowana głównie przez ludzi pochodzących ze Wschodu i w dużej mierze w nurtach filozoficznych o ezoterycznym charakterze, chcących w związku z tym nadać sobie blasku dawności, takich jak neopitagoreizm i neoplatonizm. Intencje tworzących te mistyczne prądy filozoficzne ludzi można określić jako "lokalny patriotyzm" - Grecy w okresie hellenistycznym, w odróżnieniu od Greków okresu archaicznego, uważali ludzi Wschodu za barbarzyńców, co prowadziło do tarć kulturowych. Zarazem podbite przez Greków ludy wschodnie szybko recypowały kulturę grecką, w połączeniu z własnymi koncepcjami religijno-teologicznymi tworząc syntezy, właśnie o ezoterycznym charakterze.