Aston Villa W lipcu 2000 Nilisowi skończył się kontrakt z PSV i postanowił na zasadzie wolnego transferu przejść do angielskiej Aston Villi. W Premiership zawodnik zadebiutował 27 sierpnia 2000 w zremisowanym 1:1 meczu z Chelsea F.C. i już w debiucie zdobył gola. Wystąpił także w kolejnym ligowym meczu, przegranym 1:3 z Liverpoolem, a także w następnym, wygranym 2:1 z Ipswich Town. Jednak w tym ostatnim meczu zderzył się z bramkarzem rywali, Richardem Wrightem, w wyniku czego złamał nogę. Kontuzja okazała się na tyle groźna, ze Nilis musiał zakończyć piłkarską karierę. W momencie feralnego meczu liczył sobie 33 lata.
Kariera w liczbach Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1984/85 KFC Winterslag Tweede Klasse 22 5 1985/86 KFC Winterslag Tweede Klasse 25 11 1986/87 RSC Anderlecht Eerste Klasse 16 5 1987/88 RSC Anderlecht Eerste Klasse 32 14 1988/89 RSC Anderlecht Eerste Klasse 33 19 1989/90 RSC Anderlecht Eerste Klasse 27 10 1990/91 RSC Anderlecht Eerste Klasse 30 19 1991/92 RSC Anderlecht Eerste Klasse 27 16 1992/93 RSC Anderlecht Eerste Klasse 29 19 1993/94 RSC Anderlecht Eerste Klasse 30 25 1994/95 PSV Eindhoven Eredivisie 30 12 1995/96 PSV Eindhoven Eredivisie 31 21 1996/97 PSV Eindhoven Eredivisie 26 21 1997/98 PSV Eindhoven Eredivisie 24 13 1998/99 PSV Eindhoven Eredivisie 27 24 1999/00 PSV Eindhoven Eredivisie 26