Lata okupacji niemieckiej to czas, gdy hitlerowcy zajęli obiekt i zamienili go w szpital dla dorosłych. Placówka wróciła do swojej pierwotnej funkcji w roku 1945. W roku 1949 sanatorium upaństwowiono, a jego założyciel i wieloletni dyrektor, dr Szymon Starkiewicz, został odwołany. Jego funkcję przejęła dr Aniela Żwan-Goldschmielowa. W roku 1950 w sanatorium wybuchł pożar, który spowodował częściowe zniszczenie zabudowań. Remont i renowacja trwały do 1 września 1952 r., kiedy to szpital ponownie otworzył się dla małych pacjentów, oferując rozszerzony o chorobę Heinego-Medina zakres leczenia. Razem z otwarciem wyremontowanej placówki zaczął nią kierować nowo mianowany dyrektor dr Franciszek Bloch. Od roku 1953 do sanatorium zaczęto przyjmować na leczenie pacjentów z chorobą Little’a – schorzeniem, które od roku 1965 w Polsce przyjęto nazywać mózgowym porażeniem dziecięcym.