Pod koniec I kadencji Washingtona, Martha miała nadzieję, że mąż nie zdecyduje się kandydować ponownie. Jego decyzję o ponownym ubieganiu się o fotel prezydenta przyjęła z dezaprobatą, lecz nie zaprotestowała. W tym okresie, w Filadelfii panowała epidemia żółtej febry co zmusiło pierwszą parę do opuszczenia stolicy i udania się do Mount Vernon. Wykorzystała ten czas na sprawdzenie czy ojcowizna jest dobrze zarządzana. Ostatnie przyjęcie w posiadłości prezydenckiej wydała 3 marca 1797, a następnego dnia wzięła udział w przyjęciu z okazji zaprzysiężenia nowego prezydenta – Johna Adamsa. Niecałe dwa tygodnie później Washingtonowie powrócili do Mount Vernon.
thumb|Martha Dandridge Custis Washington, obraz namalowany w 1878 W grudniu 1799 George Washington mocno się przeziębił. 13 grudnia jego stan znacznie się pogorszył – miał trudności z oddychaniem i mówieniem. Zmarł następnego dnia. Po śmierci męża, Martha nadal zajmowała się zarządzaniem posiadłości Mount Vernon i podejmowała w niej gości. Z czasem miewała coraz częściej podwyższoną temperaturę. Na początku maja 1802 roku jej stan się pogorszył.