W roku 1979 ksiądz Tadeusz Brandys został skierowany do Braniewa, gdzie mu powierzono odbudowę z ruin kościoła. Dekretem ordynariusza diecezji warmińskiej nr 758/80 zostaje 7 lipca 1979 roku mianowany rektorem kościoła św. Katarzyny w BraniewieJacek Wojtkowski Powojenne losy kościoła św. Katarzyny w Braniewie w świetle archiwaliów Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Olsztynie Studia Ełckie 14, 311-333, rok 2012.
Dzięki jego staraniom odbudowany został kościół pw. św. Katarzyny w Braniewie, którego był rektorem i proboszczem w latach 1979–2007 (po jego rezygnacji proboszczem został ks. prałat Leszek Galica). Od roku 1994 koordynował prace przy odbudowie kościoła w Żelaznej Górze i Gronowie, wybudował także kościół z plebanią w Szylenach.
Był także kapelanem domu prowincjalnego sióstr katarzynek, szpitala powiatowego, powiatowej straży pożarnej, komendy policji i Zakładu Karnego w Braniewie. W ZK w Braniewie opiekował się ofiarami stanu wojennego – wśród nich osadzonym tu w latach 1985–1986, a później zamordowanym, ks. Sylwestrem Zychem.