W efekcie uzgodnień poczynionych w czasie zawieszenia, 20 lutego 1999 odbył się Nadzwyczajny Walny Zjazd Delegatów PZPN, na którym postanowiono m.in., że zjazd wyborczy, na którym wybrane zostaną nowe władze Związku odbędzie się 28 czerwca 1999. Spośród czterech kandydatur: Zbigniewa Bońka (zrezygnował po rozpoczęciu obrad), Mariana Dziurowicza (zgłoszona w dniu zjazdu), Eugeniusza Kolatora (zrezygnował tuż przed zjazdem) i Michała Listkiewicza - w tajnym głosowaniu - wybrano ostatniego kandydataWirtualna Polska/PAP: Konflikt PZPN – UKFiT sprzed ośmiu lat zakończył się wyborem Michała Listkiewicza.Rzeczpospolita: Egzekucja Jacka Dębskiego..
Zarząd komisaryczny 2007 W związku z aferą korupcyjną w polskiej piłce nożnej, 19 stycznia 2007 Minister Sportu Tomasz Lipiec zawiesił ówczesne władze PZPN, wprowadzając zarząd komisaryczny w osobie prezesa Ekstraklasy SA Andrzeja Rusko, który miał sprawować tę funkcję do czasu wyboru nowych władz PZPN. Kurator „przejął kompetencje organów wybieralnych, czyli prezesa, prezydium, zarządu oraz zgromadzenia delegatów. Natomiast organy nominowane, czyli wydziały gier, dyscypliny i pozostałe miały działać jak dotychczas”.