Na początku XVI wieku wyspę penetrowali Portugalczycy, w tym Vasco da Gama i na krótko opanowali ją między 1505 a 1512, kiedy to została odbita przez Arabów. Miasto odzyskało część dawnej świetności, lecz w 1784 przeszło pod kontrolę omańskich władców Zanzibaru. Następnie Francuzi wybudowali i obsadzili fort na północnym krańcu wyspy, lecz samo miasto zostało opuszczone w latach 40. XIX wieku. Stało się później częścią Niemieckiej Afryki Wschodniej (1886–1918).

Poważne prace archeologiczne rozpoczęto w latach 50. XX wieku. W 1981 Kilwa Kisiwani wraz z pobliskim Songo Mnara wpisano na listę światowego dziedzictwa UNESCO, uznając za cenne obiekty Wielki Meczet, Pałac Mkutini i inne znaczące ruiny.

W 2004 na liście UNESCO oznaczono ten obiekt jako zagrożony. Istnieje poważne zagrożenie zniszczenia tutejszych zabytków, spowodowane różnymi czynnikami, głównie erozją i wegetacją roślinną. Wschodnia część pałacu Husuni Kubwa sukcesywnie znika. Zniszczenia terenu powodują ulewne deszcze, sukcesywnie podmywana konstrukcja jest zagrożona osunięciem się z klifu i zawaleniem.