Jego promotorem był van Wijngaarden.

W latach 50., Dijkstra opracował algorytm najkrótszej ścieżki w grafie. Było wtedy bardzo mało magazynów gdzie mógł opublikować artykuł. Dopiero po trzech latach opublikował go w nowo powstałym czasopiśmie „Numerische Mathematik”. Tytuł artykułu to „A Note on Two Problems in Connexion with Graphs”. Jest to jeden z najczęściej cytowanych artykułów związanych z informatyką. Jego algorytm jest m.in. używany w nawigacji GPS do obliczania najkrótszej trasy.

Dijkstra pracował w centrum Matematycznym do 1962, kiedy to przeniósł się do Eindhoven, gdzie objął stanowisko profesora na wydziale matematyki Uniwersytetu Technicznego w Eindhoven. W 1973 zredukował swój etat do jednego dnia tygodniowo, resztę czasu zajmowała mu praca badawcza w Burroughs. Jego obowiązki obejmowały pracę badawczą oraz każdego roku kilkokrotne wizyty w siedzibie firmy w Stanach Zjednoczonych.

Podczas swojej pracy na uniwersytecie Eindhoven, Dijkstra uczestniczył w tworzeniu systemu operacyjnego dla komputera Electrologica X8, następcę X1. System był znany jako „” (gdzie THE to skrót od Technische Hogeschool Eindhoven). Podczas pracy nad system zainteresował się programowaniem równoległym, na temat którego napisał kilka nowatorskich artykułów.