Z ptactwa warto odnotować żurawie, czarne i białe bociany, czaple, bielika, orlika krzykliwego, cietrzewie, rybołowy, myszołowy, sowy, puszczyka, rzadkie odmiany dzięcioła i wiele innych. Istnieją tu jedyne na całym niżu Polski stanowiska rzadkiego gatunku storczyka – gółki wonnej. Występują tu 72 gatunki chronione lub zagrożone w Polsce. Puszcza stanowi ważną ostoję o zasięgu krajowym i regionalnym takich gatunków, jak: manna litewska, turzyca oścista, zaraza bladokwiatowa, wielosił błękitny, konietlica syberyjska, brzoza niska, pióropusznik strusi, malina moroszka, pełnik europejski, fiołek torfowy, turzyca dwupienna, turzyca szczupła, turzyca życicowa, turzyca skąpokwiatowa, żłobik koralowy, kukułka bałtycka, kukułka Ruthego, listera sercowata, kukułka Fuchsa, kukułka krwista, listera jajowata, podkolan zielonawy.