W 1586 Kelley i Dee znaleźli patronat u bogatego Czecha, Wilema Rožemberka. Osiedli w mieście Trzeboń i kontynuowali swoje poszukiwania. Rok później Kelley wyjawił Dee, że anioły nakazały im dzielić wszystko co posiadają, nawet swoje żony. Historycy twierdzą, że w ten sposób Kelley chciał zerwać z Dee i poświęcić się wyłącznie alchemii, która go interesowała bardziej niż spirytyzm, i dzięki której zaczął się bogacić. Po krótkim czasie Dee zaprzestał seansów spirytystycznych i w 1588 roku powrócił do Anglii. Nie spotkał już nigdy Kelleya.

Ostatnie lata życia Do 1590 Kelley wiódł dostatnie życie, otrzymując od Rožemberka duże sumy pieniędzy oraz kilka posiadłości. Przekonał też wiele wpływowych osób, że umie produkować złoto, między innymi Rudolfa II. Jednak król, zniecierpliwiony bezskutecznym czekaniem na rezultaty prac Kelleya, kazał go aresztować w maju 1591 i osadził w Zamku Hněvín w mieście Most, gdzie w 1597 Kelley umarł w wieku czterdziestu dwóch lat. Legenda mówi że zginął podczas ucieczki – użył za krótkiej liny, aby spuścić się po niej przez okno w wieży, spadł i zmarł z powodu odniesionych obrażeń.

Jego pasierbicą była poetka Elizabeth Jane Weston.