Od tego momentu realizacja ustawowych zadań Inspekcji należała do Głównego Inspektora Ochrony Środowiska i 49 wojewódzkich inspektorów ochrony środowiska. W ten sposób wdrożono jednolity system kontroli przestrzegania prawa ochrony środowiska oraz badania stanu środowiska w skali całego kraju. W lipcu 1998 roku Sejm RP, w ramach reformy ustrojowej państwa, znowelizował ustawę o Państwowej Inspekcji Ochrony Środowiska. Jednocześnie wojewódzkie inspektoraty ochrony środowiska weszły w skład wojewódzkiej administracji zespolonej. W 34 miastach powstały delegatury wojewódzkich inspektoratów ochrony środowiska podporządkowane 16 nowym wojewódzkim inspektorom. Wyodrębniono ponadto 32 laboratoria.
Od 1 stycznia 2019 r. zadania związane z państwowym monitoringiem środowiska zostały przeniesione z kompetencji wojewódzkich inspektorów ochrony środowiska na kompetencje głównego inspektora. W ten sposób pracownicy inspektoratów wojewódzkich zajmujący się monitoringiem stali się pracownikami Departamentu Monitoringu GIOŚ. Wojewódzkie laboratoria z kolei stały się jednostkami Centralnego Laboratorium Badawczego GIOŚUstawa z dnia 20 lipca 2018 r.