Znajduje się w zlewniach dwóch mórz. Część zachodnia należy do zlewni Morza Czarnego, część wschodnia do zlewni Bałtyku. Wielki Europejski Dział Wodny przecinający Rów Podtatrzański biegnie przez Bramę Orawską.
Opis regionu Region jest podłużnym obniżeniem osiągającym wysokość od 750 do 1000 m n.p.m., utworzonym w marglistych łupkach eoceńskich (flisz podhalański). W granicach Polski ma on długość 20 km i powierzchnię około 130 km². Kotliny są nachylone ku północy i są one przysypane stożkami napływowymi utworzonymi przez spływające z gór potoki. W Kotlinie Zakopiańskiej występują żwirowe pokrywy pochodzące z trzech zlodowaceń. Zachodnia część i wschodnie krańce Rowu są zalesione. Głównymi ciekami regionu w Polsce są Czarny Dunajec oraz Zakopianka i Poroniec (źródłowe potoki Białego Dunajca).
Głównym ośrodkiem miejskim regionu w Polsce jest Zakopane, ponadto Kościelisko, Małe Ciche i Murzasichle.
Region ma niekorzystny klimat spowodowany głównie przez silne wiatry halne oraz częste w zimie inwersje temperatur.