W 1840 roku Lincoln i Todd się zaręczyli, a dwa lata później doszło do ślubu. Ponieważ przyszły prezydent nie miał pieniędzy, oboje zamieszkali w pensjonacie Globe Tawern, a w 1844 roku przenieśli się do własnego domu w Springfield. Lincoln kontynuował karierę polityczną w Kongresie, natomiast Mary zajmowała się domem i dziećmi. Po opuszczeniu Kongresu powrócił do praktyki prawniczej w Spingfield. Mary wspierała męża w politycznej karierze i interesowała się życiem publicznym. Ponieważ pragnęła, by Lincoln został wybrany na prezydenta, jeszcze przed wyborami przygotowywała się do roli pierwszej damy.
Elita waszyngtońska miała wysokie oczekiwania, po okresie, gdy pierwszą damą była Harriet Lane. Ponadto Lincolnowie byli uważani za prowincjuszy, czemu mieszkańcy stolicy dali znać, gdy zbojkotowali bal inauguracyjny 6 marca 1861 roku. Ponieważ Mary pochodziła z rodziny Toddów, południowców popierających niewolnictwo, była podejrzewana o prokonfederackie sympatie. Wielu jej krewnych i powinowatych walczyło po stronie wojsk Konfederacji, jednak Lincoln zapewnił w Kongresie o lojalności żony wobec Unii. Mary była także często obiektem ataków, z uwagi na jej negatywne opinie o członkach rządu i amerykańskich generałach.