Kilka tygodni później opuściła Waszyngton i zamieszkała w Chicago. Kongres wypłacił jej równowartość rocznej pensji prezydenckiej, za co kupiła dom. Z powodu swoich licznych długów i braku zaradności w sprawach ekonomicznych (wykorzystanej przez zatrudnionego jubilera) była zmuszona do sprzedaży swojej garderoby i biżuterii. Dzięki staraniom senatora Charlesa Sumnera, Mary Lincoln od 1870 roku otrzymywała roczną pensję w wysokości 3 tysięcy dolarów. W latach 1868–1871 Mary wraz z najmłodszym synem, Tadem, mieszkała we Frankfurcie. Krótko po ich powrocie do Stanów Zjednoczonych, Tad zmarł na gruźlicę, co pogłębiło depresję Mary i wpędziło w obłęd. Wkrótce potem jej jedyny syn, Robert, wystąpił o jej ubezwłasnowolnienie. Mary została uznana za osobę niepoczytalną i po nieudanej próbie samobójczej umieszczona w zakładzie psychiatrycznym w Batavii. Po czterech miesiącach, 10 września 1875 zakończono jej kurację, a była pierwsza dama przeniosła się do siostry w Springfield. Niecały rok później sąd przywrócił jej pełnię praw.
Wkrótce po tych wydarzeniach wyjechała do Francji, gdzie mogła zachować anonimowość. W 1880 roku powróciła do USA, gdzie Kongres podniósł jej pensję o dodatkowe 2 tysiące dolarów. Ponownie zamieszkała u siostry w Springfield, gdzie podupadła na zdrowiu.