Kariera trenerska Po zakończeniu kariery piłkarskiej Stevens został trenerem. Najpierw przez 7 lat szkolił juniorów PSV Eindhoven, by w 1993 roku objąć samodzielnie zespół Rody JC Kerkrade, z którą w 1995 roku wywalczył wicemistrzostwo Holandii, a zespół zaczął należeć do czołówki Eredivisie.
9 października 1996 roku Stevens zastąpił Jörga Bergera na stanowisku pierwszego trenera FC Schalke 04. W Bundeslidze zajął co prawda z klubem z Gelsenkirchen dopiero 12. pozycję, ale sukces osiągnął w Pucharze UEFA, gdy doprowadził zespół do finału, a następnie do zwycięstwa w nim z Interem Mediolan. Kolejne sukcesy z Schalke osiągnął kilka lat później, gdy w 2001 roku wywalczył Puchar Niemiec, a w 2002 roku powtórzył ten sukces. Po sezonie 2001/2002 Huub zrezygnował z pracy i objął Herthę BSC i w sezonie 2002/2003 zajął z nią 5. miejsce w lidze. Jednak sezon 2003/2004 berlińczycy rozpoczęli źle i 4 grudnia Stevens zrezygnował ze stanowiska.