Lisa postanawia zostawić dwójkę dzieci i udać się do domu opieki społecznej, w którym pracuje, aby zająć się jego pensjonariuszami.
Granmamare, matka Ponyo, odbywa rozmowę z Fujimoto, podczas której stwierdza, że jeśli dziewczynka i Sōsuke przejdą test, rybka będzie mogła zamieszkać w ludzkim świecie, a wszelkie anomalie znikną. Sōsuke i Ponyo budzą się w domu na klifie, odkrywając, że wszystko, co znajduje się poniżej niego, zalane jest wodą. Dzieci, używając magicznie powiększonej przez Ponyo zabawkowej łódki, postanawiają dostać się do domu opieki, aby spotkać się z Lisą. Podczas podróży Ponyo traci magiczne zdolności i na powrót staje się rybką. Z pomocą Fujimoto dzieci docierają do znajdującego się pod wodą domu opieki, gdzie Granmamare pyta Sōsuke, czy kocha Ponyo nawet jako rybkę. Chłopiec odpowiada, że kocha ją pod każdą postacią, dzięki czemu królowa oceanu zamienia Ponyo w człowieka i pozwala jej zamieszkać z Sōsuke.
Produkcja Prace nad filmem rozpoczęły się w październiku 2006 roku. Pomysłodawcą fabuły i autorem scenariusza jest sam Hayao Miyazaki. Reżyser zdradził, że postać chłopca została wykreowana na wzór jego syna, Gorō, W: Ghibliworld [on-line]. [dostęp 2008-12-30]..