II wojna światowa Od września 1939 kontynuował naukę na Jasnej Górze w tajnym Wyższym Seminarium Duchownym. 29 czerwca 1940 złożył profesję wieczystą na ręce o. Augustyna Jędrzejczyka – wikariusza generalnego zakonu na Jasnej Górze. 29 czerwca 1941 na Jasnej Górze otrzymał święcenia kapłańskie z rąk bp. Antoniego Zimniaka. Pierwszą jego placówką duszpasterską była Leśna Podlaska (1941–1945), gdzie dał się poznać jako bardzo gorliwy katecheta w Liceum Pedagogicznym – w Seminarium Nauczycielskim i innych szkołach. Tu zaraził się tyfusem plamistym służąc chorym i partyzantom AK.

Polska Ludowa W latach 1945–1946 pełnił funkcję prefekta kleryków na Jasnej Górze, a przez następne lata do 1948 był opiekunem ministrantów i różnych bractw. W latach 1949–1951 był przeorem w Leśniowie, a od 27 lutego 1952 administratorem w Krakowie. W latach 1952–1957 został pierwszym paulińskim proboszczem i zarazem przeorem w Brdowie (woj. wielkopolskie), gdzie cieszył się wyjątkowym uznaniem. Paulini ponownie objęli sanktuarium i parafię św. Wojciecha w Brdowie 2 lipca 1952 – za zgodą ks. Franciszka Korszyńskiego – mimo niechęci władz komunistycznych. O. Korneliusz zabrał się do odnowy kościoła i klasztoru. Zorganizował ministrantów, chór w parafii, Kółko Rolnicze, otworzył cegielnię i punkt apteczny. Zadbał o grób powstańców z 1863.