4 sierpnia 1958 przygotowano okólnik Ministerstwa Oświaty o odsunięciu osób zakonnych od nauczania religii. W związku z rewizją prowadzono śledztwo, przesłuchano kilkadziesiąt osób. Wprowadzono psychiczny terror, a następnie parodię procesu sądowego. Wyroki objęły m.in. o. Korneliusza Jemioła, o. Pawła Kosiaka, br. Tarsycjusza Łuczyńskiego i br. Juliana Cieślińskiego. Głównemu oskarżonemu o. Korneliuszowi zarzucano, że:
1) dopuścił do powielania materiałów wykraczających poza sprawy duszpasterskie,
2) dokonał wznowień dwóch książek, a w jednej z nich znalazł się opis „cudu nad Wisłą”,
3) nie zarejestrował dwóch powielaczy, nie notował ilości nabytego papieru itp.
Konwent, po zasięgnięciu opinii prawników i za poradą prymasa Stefana Wyszyńskiego złożył 25 lipca protest do Rady Państwa przeciw tej skandalicznej akcji, jednak bez skutku. Terroryzm milicji, przemęczenie spowodowane troską o funkcjonowanie sanktuarium okazały się ponad nadwerężone siły o. Korneliusza i tak rozpoczęła się jego choroba psychiczna. Podjął on uciążliwe i długotrwałe leczenie. Dzięki fachowej pomocy prof. Antoniego Kępińskiego powracał do zdrowia, ale angażował się z kolei w pracę duszpasterską i znowu wracał do choroby. Przeor o. Korneliusz wyjaśniał, że we wszystkich sprawach zostawił wolną rękę swemu podwładnemu o.