Zaraz po wydaniu tej ustawy muzeum zostało umieszczone w wynajętym lokalu przy placu Krasińskich, gdzie swoje miejsce znalazło ponad 2 tysiące eksponatów, głównie z darów. Pod egidą muzeum w latach 1890–1902 opublikowana została 11-tomowa Encyklopedia rolnicza.
Muzeum prowadziło też działalność charytatywną i w 1888 w sprawozdaniu pisano:
"Oprócz osób zwiedzających wystawę za biletami płatnemi (chodzi tym razem o "wystawę wyrobów z drzewa, metali, wyrobów ceramicznych i hutniczych oraz zabawek dziecinnych") zwiedzały ją zakłady dobroczynne, dziewczynki i chłopcy, jak również wychowawcy i wychowanice Instytutu Głuchoniemych". (...) "Nadto z decyzji Komitetu Muzeum dochód z 5 dni za bilety wejścia od 4go Stycznia r.b. zaczynając, oddany był na cele dobroczynne, a mianowicie na Towarzystwo biednych matek, Instytucję Jałmużniczą dla wstydzących się żebrać oraz na Przytulisko". Od 1881 muzeum mieściło się przy Krakowskim Przedmieściu w dawnym odwachu i klasztorze bernardyńskim. Po kasacie zakonu bernardynów przy Krakowskim Przedmieściu i po przebudowie w latach 1870−1884 budynek mieścił wystawy i magazyny Towarzystwa Zachęty Sztuk Pięknych (do chwili przeniesienia do pawilonu Gracjana Ungra na dziedzińcu pałacu Potockich).