zarabiał 45 tys. dol. za nakręcenie jednego odcinka. W tym okresie zaangażował się w kilka kampanii społecznych na rzecz zwalczania AIDS, pornografii i rasizmu, a także wyreżyserował dwa spoty telewizyjne dla organizacji pomagającej dzieciom zagrożonym przemocą w rodzinie i zaangażował się w działalność fundacji charytatywnej „Make a Wish”. Na ekrany kin powrócił rolą Wade’a „Beksy” Walkera, zbuntowanego nastolatka, który popada w problemy z prawem, w cieszącym się uznaniem krytyki i widzów filmie Johna Watersa Beksa (1990) będącym satyrą na młodzież lat 50. W 1991 wcielił się w postać Eddiego Rebela w teledysku do piosenki grupy Tom Petty and the Heartbreakers „Into the Great Wide Open”. Chcąc rozwijać karierę w kinie niezależnym, w latach 90. odrzucił propozycje zagrania głównych ról w komercyjnych filmach: Speed: Niebezpieczna prędkość, Wichry namiętności, Wywiad z wampirem, Thelma i Louise, Robin Hood: Książę złodziei i Speed Racer. thumb|Depp (1992) W 1990 rozpoczął współpracę z reżyserem Timem Burtonem, u którego zadebiutował tytułową rolą w kasowym Edwardzie Nożycorękim (1990).