Latem 1999 Verlaat wrócił do Ajaksu po 10 latach przerwy. Amsterdamski klub zapłacił za niego 8 milionów marek. Jednak Frank rozegrał zaledwie 21 meczów i strzelił 3 gole, a cały zespół Ajaksu spisał się słabo zajmując dopiero 5. miejsce w lidze będąc wyprzedzonym nie tylko przez PSV Eindhoven, czy Feyenoord, ale także Sc Heerenveen i Vitesse Arnhem. Po sezonie gry w Ajaksie Verlaat ponownie trafił do Bundesligi, a Werder Brema zapłacił za niego około 4,1 miliona marek. W Werderze Verlaat zadebiutował 12 sierpnia 2000 w wygranym 3:1 meczu z Energie Cottbus. Trafił jednak na słabszy okres w historii klubu, gdyż w do roku 2003 Werder nie osiągnął sukcesów.
Latem 2003 Verlaat został zawodnikiem Austrii Wiedeń, z którą został wicemistrzem kraju. Po roku przeszedł za darmo do Sturmu Graz, który od 2004 roku przeżywał kryzys i raczej walczył o miejsce w ekstraklasie niż o trofea. Verlaat zakończył karierę właśnie w klubie z Grazu wiosną 2007.