Ukrywał się we Lwowie, a następnie przedostał się do Generalnego Gubernatorstwa.

Konspiracja i partyzantka Armii Krajowej W marcu 1941 został skierowany przez Kedyw na zastępcę komendanta obwodu zamojskiego AK, a potem na komendanta obwodu.

W latach 1942–1943 żołnierze jego okręgu przeciwstawiali się wysiedleniom Polaków w akcji Wehrwolf, wywózkom Żydów i Romów do Majdanka, napadali na posterunki żandarmerii (m.in rozbicie posterunku w Biłgoraju) oraz toczyli regularne bitwy z regularną armią niemiecką, m.in. Bitwa pod Długim Kątem, Zaborecznem, Różą i Wojdą.

W 1944 objął dowództwo nad oddziałami AK w Lasach Janowskich, później nad zgrupowaniem AK w Puszczy Solskiej podczas akcji Sturmwind II. Jego 1600 żołnierzy (lub 800 według innego źródła) oraz około 2000 partyzantów radzieckichZbigniew Jakubik, Czapki na bakier, wyd. LSW 1966., stawiało opór ok. 25–30 tys. żołnierzy niemieckich, którzy w ramach tejże akcji okrążyli Puszczę i dążyli do całkowitego zniszczenia oddziałów partyzanckich na tym terenie. Partyzanci radzieccy oraz oddziały AL wydostały się z okrążenia, natomiast oddziały AK zgodnie z jego rozkazem cofały się w głąb Puszczy, co zaowocowało ich zniszczeniem.