Rok później nowym właścicielem folwarku w Wielkim Tarpnie zostaje Szczepan Klawiter, następnie Marcin Sommerfeld.
Po pokoju toruńskim w 1807 roku granica Prus z Księstwem Warszawskim biegła wzdłuż Osy i Trynki, tak, że prawobrzeżna ziemia należała do Prus a lewobrzeżna do Królestwa. W 1808 roku Kościół św. Krzyża uległ profanacji w czasie wojen napoleońskich. W 1820 roku właścicielem folwarku zostaje Franz August Müller. W 1829 roku Kościół św. Krzyża z uwagi na zły stan zachowania zostaje rozebrany, a jego wyposażenie przekazane do kościoła św. Mikołaja. Ówczesny dzierżawca majątku Wielkiego Tarpna Holder Egger za ruiny zapłacił 6 talarów. W 1839 ogrodzono cmentarz i wystawiono na pamiątkę kościoła małą kapliczkę, która nie zachowała się do dziś. W 1885 roku folwark zamieszkiwało 140 mieszkańców, trudniących się hodowlą owiec na tucz, oraz sprzedażą mleka, a we wsi było 161 osób. Wieś zajmowała 138 ha. W następnych latach liczba ludności Wielkiego Tarpna malała.
W 1930 majątek (około 180 ha i jezioro) w Wielkim Tarpnie otrzymała Państwowa Średnia Szkoła Hodowlano-Rolnicza w użytkowanie. Rok później Wielkie Tarpno wraz z folwarkiem liczyło 339 mieszkańców i posiadało 504,9 ha.