Przekształcenia hydrologiczne doliny, w tym regulacja koryta rzeki oraz ograniczenie terenów zalewowych, prowadzą do zmniejszenia retencji i zmian warunków siedliskowych, a także mogą zwiększać ryzyko wezbrań powodziowych.
Flora mały|Stokłosa żytnia Flora Janiszowa związana jest głównie z siedliskami wilgotnymi doliny Bobru. Występują tu gatunki roślin torfowiskowych i łąkowych, takie jak: siedmiopalecznik błotny, wełnianka wąskolistna, kukułka szerokolistna, zimowit jesienny oraz pełnik europejski.
Wczesnowiosenną florę tworzą m.in. śnieżyca wiosenna, pierwiosnka wyniosła oraz śledziennica skrętolistna, występujące głównie wzdłuż brzegów rzeki i w jej bezpośrednim sąsiedztwie. Na terenach użytkowanych rolniczo zachowały się także gatunki segetalne, w tym stokłosa żytnia, związana z ekstensywnymi formami upraw.
Fauna Fauna związana z doliną Bobru obejmuje przede wszystkim gatunki ptaków związane z wodami płynącymi i siedliskami nadrzecznymi. Występują tu m.in. pluszcz, pliszka górska, pliszka siwa oraz krzyżówka, zasiedlające koryto rzeki oraz przyległe zadrzewienia i zarośla.