Właściwie jedynym wytłumaczeniem dla reakcji Marii Karoliny jest strata ukochanej siostry Marii Antoniny, straconej przez rewolucjonistów-republikanów.
III koalicja antyfrancuska Po powrocie do Neapolu król nakazał aresztowania i egzekucje wszystkich ewentualnych republikanów. Czystkę tę przerwali dopiero Francuzi, którzy zmusili Ferdynanda do uznania traktatu, który zawierał właśnie amnestię dla członków partii francuskiej. Kiedy wybuchła wojna między Francją a Austrią w 1805, Ferdynand podpisał traktat o neutralności, ale już kilka dni później otwarcie poparł Austrię i zgodził się, aby armia angielsko-rosyjska wylądowała w Neapolu w ramach III koalicji.
Zwycięstwo francuskie w bitwie pod Austerlitz 2 grudnia, umożliwiło Napoleonowi rozmieszczenie wojska w południowych Włoszech. Ferdynand ponownie uciekł do Palermo (23 stycznia 1806), tym razem dołączyła do niego żona i syn. 14 stycznia 1806 Francuzi weszli do Neapolu. Napoleon ogłosił obalenie dynastii Burbonów i uczynił królem Neapolu i Sycylii swojego brata Józefa Bonaparte. Ale Ferdynand dalej rządził częścią królestwa pod angielską protekcją. Instytucje parlamentarne starego feudalnego typu nie istniały już na wyspie i lord William Bentinck, angielski minister nalegał na reformę konstytucji na podstawie wzorców angielskich i francuskich.