W kwietniu 1990 r. uchwalono ustawę o utworzeniu Urzędu Ochrony Państwa (UOP), który zastąpił Departament I i II Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Oznaczało to likwidację Służby Bezpieczeństwa (SB). UOP był odrębną, neutralną instytucją, niebędącą częścią Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, co wskazywało na odpolitycznienie służb wywiadowczych. Urząd Ochrony Państwa był nadzorowany przez MSW w zakresie polityki kadrowej, ogólnej polityki szefa UOP i jej zgodności z polityką państwa. Już wtedy zdawano sobie jednak sprawę, że wywiad powinien raczej podlegać organom zajmującym się sprawami zagranicznymi. Powodem, dla którego w 1990 r. nie zdecydowano się jeszcze na rozdzielenie wywiadu i kontrwywiadu, była kosztowność takiego przedsięwzięcia.
Jednym z dużych sukcesów polskiego wywiadu w okresie istnienia UOP była Operacja Samum. Polegała na udzieleniu pomocy w ściśle tajnej ewakuacji amerykańskich funkcjonariuszy CIA, DIA i NSA z Iraku w 1990 r. Rolę dowódcy operacji pełnił płk Gromosław Czempiński. Głównym zadaniem polskiego wywiadu było nawiązanie kontaktu z amerykańskimi funkcjonariuszami i przekazanie im polskich paszportów, tak by mogli opuścić Irak autobusem wraz z polskimi i rosyjskimi robotnikami.