Od 1956 do przejścia na emeryturę (w 1976 r.) pracował w Instytucie Badań Jądrowych (początkowo w Warszawie, następnie w Świerku koło Otwocka) na stanowisku Kierownika Działu Elektroniki. Kierował tam podówczas bardzo nowatorskimi pracami m.in. nad wielokanałowymi analizatorami amplitudy i czasu. Od 1957 roku został jednocześnie powołany na stanowisko kierownika Katedry Urządzeń Łączności Przewodowej Wojskowej Akademii Technicznej w Warszawie. W styczniu 1964 uchwałą Rady Państwa został powołany na stanowisko profesora nadzwyczajnego w Wojskowej Akademii Technicznej.
Po przejściu na emeryturę odnalazł więcej wolnego czasu, który mógł poświęcić rodzinie oraz swojemu hobby: filatelistyce, był aktywnym działaczem Polskiego Związku Filatelistów. Zmarł po długiej, ciężkiej chorobie w dniu 26 kwietnia 1990 roku. Został pochowany z pełnymi honorami wojskowymi na cmentarzu Bródnowskim w Warszawie.
W 2005 roku Wojskowy Instytut Techniki Inżynieryjnej (WITI) we Wrocławiu przyjął imię profesora Józefa Kosackiego.