Ranny w czasie zamachu. Tego dnia przejściowo zatrzymany z uwagi na rany. Jednak udało się przekonać policję, iż obrażenia są wynikiem bójki w restauracji, co potwierdzili świadkowie, składając zeznania na korzyść Barona. Dzięki temu już 17 sierpnia został uwolniony. Przebywał jeszcze półtora miesiąca w Warszawie pracując w garbarni Kempfiego przy ul.Okopowej. thumb|300px|Więzienne zdjęcie Henryka Barona 1907
Na polecenie PPS 26 września 1906 wyjechał z Królestwa Polskiego do Krakowa. Po czterech miesiącach powrócił nielegalnie. 29 stycznia 1907 aresztowany w swoim mieszkaniu przy ul. Grzybowskiej 68 i osadzony na X Pawilonie Cytadeli Warszawskiej. Na skutek obciążających oskarżeń jednego z członków jego „piątki” (Kazimierza Białoruckiego) zidentyfikowany jako uczestnik zamachu na cyrkuł. Wzburzony zdradą, przyznał się do wszystkich akcji, pragnąc własnym życiem odkupić zdradę w swoim oddziale.
Wyrokiem Wojskowego Sądu Okręgowego w Warszawie w dniu 29 kwietnia 1907 skazany na karę śmierci. Kara została zatwierdzona 2 maja 1907 przez generała-gubernatora Skałona.
Został stracony przez Rosjan na stokach Cytadeli 9 maja 1907 r. o godz. 1.30 w nocy.