Pierwsza średniowieczna wzmianka o Prokocimiu pochodzi z 1365 r. i dotyczy kwestii majątkowych. Przez kolejne kilkaset lat jest to typowa wieś folwarczna, należąca początkowo do rycerskich i mieszczańskich rodzin krakowskich, a od początku XVI w. kolejno do rodów Tarnowskich, Ostrogskich, Zasławskich, Lubomirskich i Sanguszków.
W połowie XVIII wieku Prokocim staje się rezydencją rodziny Wodzickich, którzy wznoszą na jej terenie początkowo dwór, a w pierwszej połowie XIX wieku murowany pałac. W 1595 roku wieś Prokocin położona w powiecie szczyrzyckim województwa krakowskiego była własnością wojewody kijowskiego Konstantego Wasyla OstrogskiegoWojewództwo krakowskie w drugiej połowie XVI wieku ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 109..
W 1895 r. Prokocim został zakupiony przez Erazma Jerzmanowskiego, a po jego śmierci, w 1909 r. został wystawiony na sprzedaż przez jego żonę, Annę Jerzmanowską. W 1910 r. został on zakupiony przez zakon augustianów. Pierwszym przełożonym był Grzegorz Uth. Wcześniej, w roku 1865, budowa linii kolejowej Kraków-Lwów, wyznaczyła na długie lata charakter Prokocimia jako podmiejskiej osady kolejarskiej. Prokocim odznaczał się dużym zaangażowaniem społecznym. W 1918 r.