Według pierwszej, Sima Qian stanął w obronie generała Li Linga (niewykluczone, że ów był przyjacielem historyka), który przegrał kampanię przeciw Xiongnu (匈奴) na północy i trafił do niewoli. O spowodowanie klęski Sima Qian przed samym cesarzem obwinił Li Guangli (李廣利), krewniaka cesarskiej faworyty, który ze swoim oddziałem nie przyszedł Li Lingowi z pomocą. Zagniewany cesarz, który od początku wskazywał na winę Li Linga, ukarał historyka, żeby zachować twarz.
Według drugiej wersji do ukarania Sima przyczyniły się ukończone fragmenty Zapisków poświęcone cesarzowi Wudi oraz jego ojcu, panującemu w latach (156 – 141 p.n.e.). Historyk miał opisać ich błędy, za co został ukarany.
Późniejsi dziejopisarze chińscy wyrazili podziw dla Sima Qiana za to, że zgodził się znieść hańbę, żeby dokończyć swoje dzieło. Ocena ta utrzymuje się do dziś. Według niektórych autorów to właśnie gorycz ukaranego historyka przyczyniła się do krytycyzmu i obiektywizmu Zapisków historyka, dzieła wyjątkowego na tle dotychczasowej chińskiej tradycji, która zalecała, aby dzieła historiograficzne pełniły przede wszystkim funkcję umoralniającą i edukacyjną.