Ponownie zasiadł w Sejmie III kadencji w 1997, jako kandydat Ruchu Odbudowy Polski z okręgu warszawskim, podczas gdy jego ugrupowanie należało do Akcji Wyborczej Solidarność. Odszedł krótko po rozpoczęciu kadencji z koła ROP i został posłem niezrzeszonym. 30 grudnia 1997 ustąpił z funkcji szefa PC, a w 1998 odszedł z partii. Wrócił do niej w 1999 i w październiku tego samego roku został wybrany na honorowego prezesa ugrupowania. Wspólnie z Ludwikiem Dornem w styczniu 2000 ponownie przystąpił do koła parlamentarnego ROP (wówczas reaktywowanego, a w marcu tego samego roku przemianowanego na koło ROP-PC), w którym zasiadał do lipca 2001.
W 2001 wraz z Lechem Kaczyńskim współtworzył partię Prawo i Sprawiedliwość, która w wyborach parlamentarnych w 2001 zdobyła 9,5% głosów i 44 mandaty poselskie. Jarosław Kaczyński utrzymał miejsce w Sejmie, uzyskując w okręgu warszawskim 144 343 głosy. W latach 2001–2003 był członkiem Komisji Etyki oraz przewodniczącym klubu parlamentarnego PiS.