W 1989 wstąpił do opozycyjnego ruchu Społeczeństwo przeciw Przemocy. W grudniu tegoż roku, po aksamitnej rewolucji, objął urząd ministra finansów Słowackiej Republiki Socjalistycznej w rządzie, na czele którego stanął Milan Čič. Pozostał na tym urzędzie do maja 1991 również w gabinetach, które tworzyli Ján Čarnogurský i Vladimír Mečiar. Dołączył do założonego przez ostatniego z nich Ruchu na Rzecz Demokratycznej Słowacji (HZDS). Od 1990 był posłem do Zgromadzenia Federalnego Czeskiej i Słowackiej Republiki Federacyjnej, a od czerwca do grudnia 1992 ostatnim przewodniczącym tej instytucji.
15 lutego 1993 słowacki parlament wybrał go na urząd prezydenta (otrzymał 106 głosów w 150-osobowym parlamencie). Urząd ten objął 2 marca 1993 i sprawował do 2 marca 1998, rezygnując z członkostwa w HZDS. W trakcie kadencji popadł w polityczny i długotrwały konflikt z premierem Vladimírem Mečiarem m.in. co do perspektyw członkostwa w NATO, za czym optował prezydent. Michal Kováč publicznie oskarżał premiera o niekompetencję i populizm, poparł także rozłamowców z HZDS, którzy wraz z opozycją w 1994 doprowadzili do krótkotrwałej zmiany premiera. Konflikt między nimi przybrał na sile w 1995, gdy syn prezydenta, podejrzewany w Niemczech o przestępstwa finansowe, został porwany i wywieziony do Austrii.