Większe naprawy więźby dachowej i ceramicznego dachu miały też miejsce u schyłku XVII wieku, co należy wiązać z pożarem w 1684 r. pobliskiego młyna, przy jazie farnym. Podczas pożaru wiatr skierował ogień na północną elewację kościoła, która bardzo ucierpiała, a wyrządzonych wówczas szkód nie zdołano całkowicie usunąć nawet po upływie piętnastu lat. Na skutki pożaru młyna nałożył się postępujący od drugiej połowy XVII w. upadek gospodarki i finansów miasta, co znacznie ograniczyło indywidualną ofiarność mieszczan i możliwości inwestycyjne rady miejskiej. W latach 1712–1763 kolejni wizytatorzy diecezjalni parafii bydgoskiej pisali wręcz o ruinie świątyni i towarzyszących jej zabudowań kościelnychW tym czasie podkreślano natomiast dobre utrzymanie bydgoskich klasztorów i kościołów konwentualnych: karmelitów, bernardynów, jezuitów i klarysek.. Dewastacji obiektu nie udało się powstrzymać do końca czasów przedrozbiorowych, choć przy prowadzeniu interwencyjnych remontów nie zrezygnowano z drobnych inwestycji.