W 2001 roku Di Francesco odszedł do Piacenzy, w której ponownie grał w wyjściowej jedenastce. W 2002 roku pomógł zespołowi w utrzymaniu się w Serie A, jednak w 2003 roku klub ostatecznie spadł do Serie B. Po sezonie Eusebio przeniósł się do beniaminka Serie A, Ancony Calcio. Spędził w niej zaledwie pół roku (spadła z ligi zajmując ostatnią pozycję) i jeszcze zimą 2004 został piłkarzem Perugii, z którą także spadł z ligi. Spędził w niej jeszcze sezon 2004/2005, jednak z powodu kłopotów finansowych Perugię ukarano degradacją do Serie C1, a Di Francesco zdecydował się wówczas zakończyć piłkarską karierę w wieku 36 lat.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1987/88 Empoli FC
Serie A 1 0 1988/89 Empoli FC
Serie B 34 0 1989/90 Empoli FC
Serie C1 33 1 1990/91 Empoli FC
Serie C1 34 2 1991/92 AS Lucchese
Serie B 33 2 1992/93 AS Lucchese
Serie B 34 3 1993/94 AS Lucchese
Serie B 36 0 1994/95 AS Lucchese
Serie B 36 7 1995/96 Piacenza Calcio
Serie A 33 2 1996/97 Piacenza Calcio
Serie A 34 3 1997/98 AS Roma
Serie A 33 4 1998/99 AS Roma
Serie A 33 8 1999/00 AS Roma
Serie A 30 2 2000/01 AS Roma
Serie A 5 0 2001/02 Piacenza Calcio
Serie A 31 6 2002/03 Piacenza Calcio
Serie A 30 6 2003/04 Ancona Calcio
Serie A 9 0 2003/04