W 1994 roku powstała nieliczna Armia Wyzwoleńcza Caprivi – grupa separatystyczna dążąca do odłączenia od reszty kraju regionu Caprivi. W sierpniu 1999 roku oddziały separatystów dokonały ataków na posterunki policji i stanowiska wojskowe w Caprivi. Doprowadziło to do wprowadzenia na tych obszarach stanu wyjątkowego i wzmożonej akcji wojsk Namibii i Angoli (Angola włączyła się w kampanię, gdyż separatyści byli wspierani przez UNITA) przeciwko separatystom. Organizacja została rozbita do końca 1999 rokuForrest, Joshua B. (2003). Subnationalism in Africa: Ethnicity, Alliances, and Politics. Lynne Rienner Publishers. s. 188. ..
W wyborach w 1994 i 1999 Nujoma ponownie został wybrany prezydentem. Także wybory parlamentarne z 2002 i 2004 roku okazały się zwycięstwem SWAPO. Obserwatorzy nie zanotowali w trakcie ich trwania poważniejszych nadużyć. Od 2005 roku prezydentem był Hifikepunye Pohamba. W 2009 roku Pohamba uzyskał reelekcję w wyborach prezydenckich. W latach 2015–2024 prezydentem był Hage Geingob. Po jego śmierci tymczasowym prezydentem został Nangolo Mbumba. Od 2025 prezydentem jest Ndemupelila Netumbo Nandi-Ndaitwah, pierwsza kobieta w historii, która objęła urząd prezydenta Namibii.