W 1878 roku Szubert otrzymał kolejne zamówienie od Towarzystwa. Zrealizował je, fotografując widoki w Dolinie Białej Wody i Dolinie Ciężkiej. Towarzystwu przekazał 22 fotografii z Tatr i siedem z Pienin. Ponownie fotografował w czasie wycieczki do Jaworzyny w 1881 roku. Po 1882 roku Szubert zapewne kilkukrotnie odwiedzał jeszcze Tatry, jednak nie wiadomo, jakie rejony wówczas odwiedzał, ani co fotografował. Najprawdopodobniej w 1886 roku wyprawił się na węgierską stronę Tatr.
W 1889 roku Towarzystwo Tatrzańskie rozpoczęło wydawanie zdjęć Szuberta w formie heliograwiur przeznaczonych dla swoich członków. Zadanie to zlecono wiedeńskiemu zakładowi Richarda Paulussena, który posługiwał się oryginalnymi negatywami Szuberta. Łącznie do 1901 roku wydano 34 heliograwiury z 34 widokami Tatr i 9 Pienin.
W latach 80. i 90. XIX wieku Szubert fotografował także Zakopane, uwieczniając wille wybudowane tam w stylu zakopiańskim. Prawdopodobnie po raz ostatni fotografował Tatry w 1898 roku, przemierzając drogę w stronę Morskiego Oka. Utrwalił wówczas m.in.