W początkowym etapie badacze wyróżnili dwa typy plejotropii, współcześnie te terminy nie są już używane:
prawdziwa – pojedynczy czynnik bezpośrednio wpływa na dwie cechy fenotypowe, rzekoma (pozorna, relacyjna) – działanie pojedynczego czynnika inicjuje kaskadę zdarzeń wpływających na wiele niezależnych cech.
Historia Autorem pierwszej pracy (z 1866 roku) opisującej przypadek plejotropii grochu (Pisum) był Mendel. Badając mechanizmy dziedziczenia zauważył on, że rośliny których nasiona są kolorowe zawsze mają kolorowe kwiaty i pochewkę liściową, natomiast bezbarwne nasiona grochu mają zawsze białe kwiaty i brak pigmentacji na pochewce liściowej. Zatem w odniesieniu do grochu kolor pokrywy nasiennej był zawsze związany ze specyficznym kwiatem i pochewką liściową.
Termin "plejotropia" wprowadził w 1910 roku niemiecki genetyk Ludwig Plate. Jego oryginalna definicja brzmiała: "Nazywam jednostkę dziedziczenia plejotropową, jeżeli zależy od niej kilka cech.