Trocki zmarł następnego dnia z powodu odniesionych ran.
II wojna światowa Dywersja, sabotaż i wojna partyzancka 5 października 1939 roku, po agresji ZSRR na Polskę, na podstawie tajnego rozkazu nr 001186 wydanego przez Ławrientija Berię został wraz z Bogdanem Kobułowem i Trofimem Kornijenką jednym z szefów trzech grup operacyjno-śledczych powołanych w celu przetłumaczenia oraz opracowania tajnych dokumentów polskiego wywiadu (w tym Oddziału II Sztabu Głównego WP), które dostały się w ręce radzieckie po 17 września 1939 roku. Do lutego 1941 roku na podstawie akt polskiego wywiadu i Policji Państwowej ogłoszono w ZSRR listy gończe za 3168 oficerami i agentami służb specjalnych II Rzeczypospolitej.
Sudopłatow jako zastępca naczelnika 5 wydziału (wywiad) GUGB nadzorował selekcję polskich oficerów w obozach w Kozielsku i Starobielsku oraz policjantów w Ostaszkowie. Podpisywał listy zawierające nazwiska jeńców wojennych, którymi był zainteresowany wywiad: 24 z obozu kozielskiego, 22 ze starobielskiego i 7 z ostaszkowskiego. Późniejsze zachowanie większości z nich nie budziło zastrzeżeń, zatem ich przydatność dla organów bezpieczeństwa ZSRR była wątpliwa.