W swoim pamiętniku wspomina:
W czasie wojny wysłaliśmy 212 oddziałów i grup partyzanckich, liczących 7316 osób, na tyły wroga. Przeszkoliliśmy w zakresie sabotażu dla Armii Czerwonej tysiące oficerów i techników, wysłaliśmy także 3500 cywilnych agentów oraz sabotażystów. Jednostki spadochronowe NKWD zrzuciły dodatkowo 3000 specjalnie przeszkolonych partyzantów poza linie wroga.
Projekt Manhattan Rząd Związku Radzieckiego został poinformowany przez swoich agentów w Wielkiej Brytanii i Stanach Zjednoczonych, m.in. przez siatkę szpiegowską z Cambridge, o rozpoczęciu wspólnej pracy nad skonstruowaniem bomby atomowej przez Stany Zjednoczone, Wielką Brytanię i Kanadę (Projekt Manhattan).
W związku z tym, w 1942 roku w ZSRR założono Komitet ds. Energii Atomowej, na czele którego stanął ówczesny szef NKWD Ławrientij Beria. Paweł Sudopłatow wchodził w skład komitetu jako Dyrektor ds. Wywiadu. W 1943 roku dokonano reorganizacji Ludowego Komisariatu Spraw Wewnętrznych (NKWD), z którego wyodrębniono wywiad zagraniczny i Służbę Bezpieczeństwa, nazywając ją Ludowym Komisariatem Bezpieczeństwa Państwowego (NKGB), specjalny Oddział „S” znany także jako „Grupa Sudopłatowa”.