Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 103.. W XVI, XVII i XVIII wieku klasztor często oddawał folwark mucharski w dzierżawę, a także prowadził liczne procesy z okolicznymi szlachcicami, miastem Wadowice i plebanem mucharskim o granice, dochody z dziesięciny i prawo sprzedaży alkoholu. W latach 1772–1918 Mucharz należał do Królestwa Galicji. Przez Mucharz w latach 1847–1849 przeszła epidemia cholery z powodu której zmarły 1122 osoby. W 1782 roku, w wyniku reform kościelnych cesarza Józefa II, Mucharz został odebrany norbertankom i sprzedany Tomaszowi Wilkońskiemu z Jaszczurowej. Dobra te odziedziczył po nim siostrzeniec Józef Pisarzewski. Kolejnymi właścicielami Mucharza byli: w XIX stuleciu Dominik Knesek, a w latach 1882–1945 rodzina Tetschlów.
Mucharz należał do województwa krakowskiego w latach 1919–1939 i 1945–1975. W 1939 r. włączony do III Rzeszy (do 1945 r.), leżał na granicy między Niemcami a Generalnym Gubernatorstwem.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Mucharz. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa bielskiego. W 1986 r. rozpoczęto tutaj budowę zapory i Jeziora Mucharskiego, która trwała ponad 30 lat.
Ze wsi pochodził m.in. ks.